Η Ακαδημία Ποδοσφαίρου του Πανδραμαϊκού λειτουργεί από το 2002, με πρώτο προπονητή τον Γιώργο ΑΜΠΡΙΚΙΔΗ, βοηθό τον ποδοσφαιριστή Παύλο ΠΑΥΛΙΔΗ και διοικητικό υπεύθυνο τον Γιάννη ΚΑΝΕΛΟΠΟΥΛΟ. Οι πρώτες προπονήσεις και οι εντός έδρας αγώνες διεξάγονταν κυρίως στο γήπεδο της Αθηναϊκής Χαρτοποιίας.

Το 2004 τεχνικός υπεύθυνος ανέλαβε ο Πασχάλης ΔΗΜΑΡΙΔΗΣ και διοικητικός ο Παναγιώτης ΕΥΘΥΒΟΥΛΗΣ. Η περαιτέρω ανάπτυξη της Ακαδημίας επιτεύχθηκε το 2005, με την λειτουργία των ιδιόκτητων αθλητικών εγκαταστάσεων του Πανδραμαϊκού, στον Μυλοπόταμο Δράμας, όπου διεξάγονται πλέον οι προπονήσεις και οι εντός έδρας συναντήσεις των τμημάτων.

Παράλληλα διεξήχθησαν μεγάλα διεθνή τουρνουά με συμμετοχή και των σημαντικότερων Ελληνικών ομάδων, ενώ αντίστοιχες συμμετοχές είχε η Ακαδημία του Πανδραμαϊκού.

Kατά την αγωνιστική περίοδο (2009-2010) διοικητικός υπεύθυνος της Ακαδημίας του Πανδραμαϊκού ανέλαβε ο πρώην ποδοσφαιριστής του συλλόγου ΜΕΛΙΚΙΔΗΣ ΕΥΣΤΑΘΙΟΣ και προπονητές οι: ΚΑΛΛΙΜΑΝΗΣ ΠΑΝΤΕΛΗΣ, ΛΥΜΠΕΡΙΔΗΣ ΙΩΑΝΝΗΣ, ΚΕΛΙΔΗΣ ΧΡΗΣΤΟΣ, Χ/ΔΗΜΗΤΡΙΟΥ ΓΕΩΡΓΙΟΣ, ΓΟΥΔΑΚΗΣ ΑΘΑΝΑΣΙΟΣ και ΚΑΡΒΟΥΝΗΣ ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ.

Η μετακίνηση των τμημάτων της Ακαδημίας γίνεται με το ιδιόκτητο λεωφορείο της.